Škofijska gimnazija Vipava je bila ustanovljena 15. maja 1991. Ustanovil jo je Škofijski ordinariat Koper z Odlokom številka 172/91, ki ga je podpisal naš koprski škof msgr. Metod Pirih.
Za boljše poznavanje nastanka in ustanovitve Škofijske gimnazije Vipava je potrebno poseči nekoliko nazaj, in sicer v leto 1950, ko je takratni apostolski upravitelj jugoslovanskega dela goriške nadškofije dr. Mihael Toroš v prostorih mogočnega vipavskega župnišča ustanovil Slovensko malo semenišče. Zaradi takratnih razmer se je v prvi letnik lahko vpisalo prvih 19 fantov z naše Primorske šele jeseni 1952. V začetku so fantje le bivali v semenišču, v šolo pa so hodili na gimnazijo v Ajdovščino. Ker je takratni Okrajni ljudski odbor Gorica leta 1957 ukinil gimnazijo v Ajdovščini, je dr. Mihael Toroš 19. avgusta 1957 z odlokom številka 454 ustanovil v Malem semenišču Srednjo versko šolo za pripravljanje duhovnikov v Vipavi.
Vse do slovenske osamosvojitve in demokratičnih sprememb leta 1991 Srednja verska šola Vipava ni bila javno priznana in so jo v celoti vzdrževali, materialno podpirali in omogočali njeno delovanje primorski verniki. Država je delovanje Malega semenišča in Srednje verske šole na najrazličnejše načine celo ovirala. Ker se je določeno število fantov po končanem šolanju odločalo tudi za druge poklice, je bilo več poskusov, kako pridobiti šoli javno veljavo. Zadnja leta so fantje, ki so to želeli, opravljali razredne izpite na državnih gimnazijah, kar pa je bilo zelo naporno. Od leta 1952 do leta 1991 se je v Malem semenišču in na Srednji verski šoli šolalo 545 fantov. Med njimi je danes preko 200 duhovnikov v vseh treh slovenskih škofijah, samo v naši koprski preko 100. Že samo ta podatek kaže, kako pomembno vlogo sta v povojnem času imela Malo semenišče in Srednja verska šola v Vipavi.
Leta 1991 je bil spremenjen Zakon o pravnem položaju verskih skupnosti, ki je tudi Cerkvi dal možnost ustanavljanja šol odprtega tipa z javno priznano veljavo. Ker je bilo v Malem semenišču zadnja leta vse manj kandidatov in ker je zakonodaja odprla nove možnosti pastoralnega in vzgojno-izobraževalnega delovanja Cerkve, je bil po posvetovanjih v vodstvu koprske škofije sprejet sklep, da se ustanovi v Vipavi nova Škofijska gimnazija Vipava.
Istega leta je bil program Škofijske gimnazije Vipava uradno priznan. S tem se je šola odprla za vpis večjega števila dijakov, tako fantov kot deklet. S povečanim vpisom je začelo prihajati do prostorske stiske.
Od leta 1993 so v okviru koprske škofije tekla prizadevanja za pridobitev ustreznejših prostorov za delovanje ŠGV. Ta prizadevanja so bila kronana z odprtjem in blagoslovom novih prostorov ŠGV 11.9.1999.
Slovesnost odprtja in blagoslova novih prostorov je bila hvalnica Bogu in ljudem, ki so s svojimi darovi omogočili izgradnjo novih prostorov. Od jeseni 1999 so se stare stavbe ŠGV preuredile za potrebe dijaškega doma. Prenova polovice doma je bila zaključena poleti 2000, prenova druge polovice pa do poletja 2001.